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Se o que você deseja é usar SSL apenas em um subdomínio específico (exemplo loja.seusite.com.br, ao invés de utilizar no endereço www.seusite.com.br) é só adquirir o certificado SSL especificamente para o subdomínio lojaloja.seusite.com.br.
Já se sua intenção é utilizar SSL em múltiplos subdomínios, basta adquirir um certificado SSL Wildcard. Ele é um tipo bem mais caro de certificado, mas que possibilita este tipo de uso. A Innova no momento não comercializa certificados SSL Wildcard.
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