O certificado SSL funciona apenas dentro do domínio para o qual foi adquirido. Exemplo: Um certificado emitido para www.seusite.com.br funcionará apenas nas páginas e pastas dentro do domínio www.seusite.com.br. Não funcionará por exemplo no subdomínio store.seusite.com.br
Se o que você deseja é usar SSL apenas em um subdomínio específico (exemplo loja.seusite.com.br, ao invés de utilizar no endereço www.seusite.com.br) é só adquirir o certificado SSL especificamente para o subdomínio loja.seusite.com.br.
Já se sua intenção é utilizar SSL em múltiplos subdomínios, basta adquirir um certificado SSL Wildcard. Ele é um tipo bem mais caro de certificado, mas que possibilita este tipo de uso. A Innova no momento não comercializa certificados SSL Wildcard.